El uso de los abonos entraña dos tipos de consecuencias que pueden comportar riesgos sanitarios para el hombre y daños a los ecosistemas.
El riesgo sanitario más común es el relativo al consumo en la alimentación de agua con alto contenido en nitratos.
El riesgo medioambiental más citado es el de la contaminación del agua potable o la eutrofización de las aguas, ya que si los abonos, orgánicos o minerales, son difundidos en cantidad excesiva para reponer las necesidades de las plantas y si la capacidad de retención de los suelos no es grande, entonces los elementos solubles llegan a la capa freática por infiltración, o hacia los cursos de agua por arrastre.
Generalmente, las consecuencias de la utilización de los abonos, que pueden comportar riesgos y que son criticadas, son las siguientes:
- Efectos sobre la fertilidad de los suelos, su estructura, el humus y la actividad biológica.
- Efectos sobre la erosión.
- Efectos ligados al ciclo del nitrógeno y a la toxicidad de los nitratos en las aguas potables.
- Efectos ligados a la degradación de los abonos inutilizados, que emiten gases de efecto invernadero a la atmósfera.
- Efectos ligados al ciclo del fósforo.
- Efectos ligados a otros elementos nutritivos (potasio, azufre, magnesio, calcio, oligoelementos).
- Efectos ligados a la presencia de metales pesados(cadmio, arsénico, flúor) o de elementos radiactivos (significativamente presentes en los fosfatos, y en los purines de cerdos por los metales pesados).
- Efectos sobre los parásitos de los cultivos.
- Eutrofización de las aguas dulces y marinas.
- Efectos sobre la calidad de los productos.
- Contaminación emitida por la industria de producción de abonos.
- Utilización de energía no renovable.
- Agotamiento de los recursos minerales.
- Efectos indirectos sobre el entorno, por efecto de la mecanización en la agricultura intensiva.
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